發(fā)酵工程是生物技術(shù)的重要組成部分，也是生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)化的重要環(huán)節(jié)?，F(xiàn)代發(fā)酵工程不僅包括菌體生產(chǎn)和代謝產(chǎn)物的發(fā)酵生產(chǎn)，還包括微生物機(jī)能的利用。其主要包括生產(chǎn)菌種的選育，發(fā)酵條件的優(yōu)化與控制，反應(yīng)器的設(shè)計及產(chǎn)物的分離、提取和精制等。然而，能耗大卻是發(fā)酵產(chǎn)業(yè)的致命弊端，因此，實現(xiàn)節(jié)能減排就成為該產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要目標(biāo)。
    由于我國的發(fā)酵產(chǎn)業(yè)在硬件方面已經(jīng)達(dá)到很高的水平，因此，實現(xiàn)發(fā)酵產(chǎn)業(yè)節(jié)能減排目標(biāo)的關(guān)鍵在于菌種的改造及提高菌種的效率。例如，一個細(xì)胞要想具有多種功能，就需要實現(xiàn)跨種屬染色體在一個細(xì)胞內(nèi)共存；要想獲得優(yōu)化的發(fā)酵產(chǎn)品合成途徑，就需要攻克低成本染色體的化學(xué)合成技術(shù)；要想解決復(fù)雜化合物的微生物發(fā)酵生產(chǎn)問題，就需要解決大片段基因的獲得和在染色體里的整合與表達(dá)。
    而菌種的改造工作，事實上也是合成生物學(xué)正在研究的題目。合成生物學(xué)提出的方法將有利于對現(xiàn)有生產(chǎn)菌種的根本性改造。目前科學(xué)家們已經(jīng)不局限于非常辛苦地進(jìn)行基因剪接，而是開始構(gòu)建遺傳密碼，以期利用合成的遺傳因子構(gòu)建新的生物體。因此，通過合成生物學(xué)改造菌種，有望推動生物發(fā)酵產(chǎn)業(yè)的不斷升級。
    目前，我國已經(jīng)是************的發(fā)酵產(chǎn)品生產(chǎn)國，未來產(chǎn)業(yè)定位也應(yīng)該向著更高端的方向發(fā)展。他認(rèn)為，發(fā)酵產(chǎn)業(yè)應(yīng)更加注重利用農(nóng)業(yè)生物質(zhì)為原料生產(chǎn)材料、能源、化工產(chǎn)品，替代部分石油資源；要向著無高溫滅菌、低耗水和連續(xù)發(fā)酵的目標(biāo)發(fā)展，以最終實現(xiàn)節(jié)能減排。