今天的發(fā)酵工程不僅是生產酒類飲料、調味品和面包，而且在醫(yī)藥工業(yè)方面生產抗生素、胰島素、干擾素、生長激素和疫苗等多種醫(yī)療保健藥品；在農業(yè)方面生產微生物殺蟲劑、肥料和除草劑等農用生產資料；在化工方面生產氨基酸、香料、酶、維生素和單細胞蛋白，并進入了環(huán)保、冶金和石油行業(yè)。
    從廣義上講，發(fā)酵工程由三部分組成，即上游工程、中游工程和下游工程。上游工程是指生產菌株的選育，******發(fā)酵條件(pH、溫度、溶解氧、培養(yǎng)基等)的確定，營養(yǎng)物的選擇和制備等。中游工程主要指對各類生物反應器的研制，在生物反應器中大量培養(yǎng)生物體和生產代謝物的工藝技術，包括對反應器和發(fā)酵原料以及各種連接管道進行滅菌的技術；在發(fā)酵過程中大量施用的干燥無菌空氣的制備技術；在發(fā)酵管理方面涉及的計算機控制技術；還有各級種子培養(yǎng)和生產放大的不同工藝技術等。
    下游工程是指從發(fā)酵物料中分離提取產品的技術：如固液分離技術(包括蒸餾、離心、過濾、沉淀分離等技術)，細胞破壁技術(采用超聲、高壓、滲透壓、表面活性劑和溶菌酶等)，蛋白質純化技術(沉淀、色譜分離和超濾法等)，最后還有產品的檢測和包裝處理等技術。